2000-1917סבו מארי יחיא קאפח, מגדולי חכמי תימן בדורו, היה ממקימי חבורת 'דור דעה' - הדרדעים, שפעלו למען חזרתה של יהדות תימן לפסיקות הרמב"ם ורס"ג - טרם קבלת השולחן הערוך, התנגדו ללימודי קבלה ולספר הזוהר, ועודדו לימודי השכלה רחבה. פעילותו של הסבא עוררו התנגדות בקהילה היהודית, וחשש בשלטון המקומי לערעור יציבות המשטר. חבורת הלומדים נכלאה ופעילותם נאסרה, אך הם המשיכו להיפגש וללמוד תורה. אביו מארי דוד קאפח נפטר, טרם מלאה למארי יוסף קאפח שנה, לאחר שהוכה נמרצות ע"י שוטרים בעת מעצרם על לימוד תורה.
בשנת תרפ"ב (1922) אימו של מארי יוסף קאפח נפטרה, והוא בן 5. מארי יוסף קאפח גדל אצל דודתו סעדה ושצ'י, ולמד תורה אצל סבו מארי יחיא קאפח.
בשנת תרצ"א (1931) נפטר סבו, ומארי יוסף קאפח, מילא מקומו כמוסר שיעורים בבית המדרש. מארי יוסף קאפח המשיך לשקוד על לימודו לפני מארי רצ'א צארום מתלמידי סבו.
בשנת תרצ"ג (1933), והוא בן 16, נאסר מארי יוסף קאפח, אף הוא, ע"י השלטונות. לאחר ששוחרר, נשא לאישה את בת דודתו הקטנה - ברכה, וכעבור שלוש שנים נולד בנם הבכור, דוד.
בשנת תש"ג (1943) מארי יוסף קאפח עלה לארץ ישראל. הוא החל ללמוד בישיבת 'מרכז הרב' והמשיך בלימודי דיינות במכון 'הארי פישל'. בשנת תש"י (1950) התמנה לדיין בבית הדין האזורי בירושלים, וכעבור עשרים שנה, התמנה לדיין בבית הדין הגדול. מארי יוסף קאפח היה חבר במועצת הרבנות הראשית לישראל, ונשיא הקהילה התימנית בירושלים. בשנת תשכ"ט (1969) זכה בפרס ישראל לספרות תורנית.
עיקר מפעלו התורני היה תרגום לעברית והדרה מכתבי יד של עשרות ספרים של ראשוני חכמי ספרד, ובהם 'אמונות ודעות' לרס"ג, ספר 'הכוזרי' לרבי יהודה הלוי, 'חובות הלבבות' לרבנו בחיי אבן פקודה, 'פירוש רבי נתן' לששה סדרי משנה, וחיבורים רבים אחרים שנכתבו בערבית יהודית. מקום מיוחד בפעילותו תפסו כתבי הרמב"ם: הוא תרגם את 'אגרות הרמב"ם', 'מורה נבוכים', 'פירוש המשניות', 'ספר המצוות' ו'מילות ההיגיון', ומהדורה מבוארת של 'משנה תורה' בת 24 כרכים. מאמריו הרבים כונסו בשלושה כרכים בשם 'כתבים'.
מארי יוסף קאפח עסק רבות במורשת יהדות תימן. בספרו 'הליכות תימן' תיאר את אורח חייהם של יהודי תימן. ערך את תכלאל 'שיבת ציון' - סידור תפילה תימני בנוסח בלדי על פי שיטת הרמב"ם, וסידור 'שיח ירושלם'.
מארי יוסף קאפח נפטר בליל י"ח בתמוז תש"ס (2000), ונקבר בהר המנוחות בירושלים.
