1935-1848בשנת תר"מ (1880) חכם יששכר אצאראף עלה לארץ ישראל, ומינה אחריו את חכם רפאל אנקאווא לחבר בית הדין יחד עם דודו חכם מסעוד אנקאווא וחכם יצחק אמזאלג.
בשנת תר"ס (1900) לערך חכם רפאל אנקאווא הקים ישיבה, אליה נהרו תלמידים רבים. חלק מתלמידיו המובהקים הם: חכם אברהם רווח; חכם אפרים שלום אנקאווא; וחכם מיכאל יששכר אנקאווא - בנו יחידו של חכם רפאל אנקאווא, שמילא את מקומו של אביו עד לפטירתו.
בשנת תרע"ח (1918) החליטה ממשלת צרפת להקים ברבאט בית דין גבוה לערעורים. חברי הוועד היהודי בעיר הציעו למנות את חכם רפאל אנקאווא כראש אבות בתי הדין, ונשיא בית הדין הגבוה לערעורים.
חכם רפאל אנקאווא סרב לקבל את המינוי, והציע במקומו את החכם הגאון שלמה דנאן. הנציב העליון של צרפת סירב, ואיים לבטל את הקמת בית הדין. חכם רפאל אנקאווה התרצה, ומינה את החכם הגאון שלמה דנאן רשמית כסגנו, ולמעשה חכם רפאל אנקאווא נהג בו כנשיא.
שמעו של חכם רפאל אנקאווא יצא למרחוק, ורבו דורשי תורתו במרוקו ומחוצה לה. ספריו חולקו חינם אין כסף לתלמידי חכמים ולבני עניים וגם לבתי כנסת ובתי מדרשות.
חכם רפאל אנקאווא נפטר בליל שבת קודש ד' מנחם אב תרצ"ה (1935) ונקבר בעירו סאלי.
בין ספריו הרבים: ספר קרני רא"ם; פעמוני זהב; ספר תועפות רא"ם; ספר פעמון ורמון; ספר חדד ותימא ועוד.
