חכם ישעיה יוסף פונטרימולי נולד לאמו לאה בת החכם יהושע אברהם קריספין ולאביו החכם חיים בנימין מחבר ספר 'פתח הדביר' באיזמיר.
הוא למד תורה מחכמי איזמיר ובמיוחד חכם משה חודאדה. ואחר שנתגדל בתורה, עסק בהוראת תלמידים שלימים גדלו והיו מחכמי ורבני איזמיר. היה עמל בתורה והתכתב עם חכמים שונים שהיו בדורו במשא ומתן של הלכה. אף אביו היה נוהג להתייעץ עמו בענייני הלכה ולפני הדפסתם של פסקים וחידושים.
חכם ישעיה יוסף פונטרימולי ניחן במידות תרומיות ובמיוחד היה נזהר בדיבורו שיהיה בנחת עם הבריות ובקול נמוך, הקפיד שלא לשוחח בדברים בטלים ופעמים רבות אחז בפלך השתיקה.
חכם ישעיה יוסף פונטרימולי כתב כמה חיבורים: ספר 'פנים במשפט' - חידושי הלכות על טור ושולחן ערוך חושן משפט, איזמיר תרל"ג (1873). 'פני יוסף' - דרשות וחידושים על התורה וההפטרות, איזמיר, תר"מ (1880). ועוד ספרים שנשארו בכתב יד: ספר 'מלאכת המלך' על הרמב"ם, שיטה על מסכת כתובות ושו"ת 'משיב נפשי'.
חכם ישעיה יוסף פונטרימולי נפטר בקיצור ימים ושנים ובחיי אביו ביום כ"ד מנחם-אב תר"ל (1870).