חכם ישראל זיתון נולד לאמו ולאביו בסביבות שנת ת"ר (1860) בתוניס.
כבר בילדותו השתתף בשיעורם של חכמי הדור: חכם ישועה בסיס, וחכם אברהם כהן יצחקי, אבל את עיקר תורתו למד מפי חכם אברהם חג'אג', אב בית הדין בתוניס,
חכם ישראל זיתון התפרנס כסוחר בשעווה, והיכרותו עם עולם המסחר, היה לו לעזר רב כדיין וכפוסק הלכה.
בשנת תרנ"ח (1898) חכם ישראל זיתון נבחר לעמוד בראש בית הדין הגדול בתוניס, יחד עמו כיהנו כדיינים חכם משה חיים זיתון, וחכם דוד נתן ג'אוי. בתפקידו עמד בקשר עם חכמי ישראל כמו חכם חזקיה שבתאי, חכם יצחק פאלאג'י, וחכם אליהו חזן. הוא ובית דינו השיבו על אלפי תשובות הלכתיות לכל ערי תוניס וסביבותיה.
חכם ישראל זיתון המשיך את מורשתו של רבו, חכם אברהם חג'אג', ועודד פתיחת בתי ספר של כי"ח בתוניס, ואף שלח מכתב המלצה לחכם סאסי כהן, אב בית הדין בג'רבה, בזכות בתי הספר של כי"ח.
בשנת תרע"ח (1918) חכם ישראל זיתון נבחר לתפקיד 'ראש הרבנים בתוניסיה', בו שימש עד יום פטירתו.
חכם ישראל זיתון נפטר ביום י"ח אב תרפ"א (1921)
לאחר פטירתו נאספו חלק מתשובותיו, והודפסו בספר 'משפט כתוב'. מאות מתשובותיו עדיין מצויים בכתב יד.