חכם יצחק רפאל מאייו נולד לאמו ולאביו חכם אהרן באיזמיר.
את תורתו למד מפי חכמי איזמיר ורבו המובהק היה חכם יצחק נוניס. הוא היה דיין בבית הדין הגדול שבאיזמיר ולאחר שחכם חיים מודעי עלה לארץ נתמנה להיות רבה הראשי של העיר ולראש הישיבה. בנשיאותו ברבנות העיר נהג בתקיפות רבה על כך שפסקי דינו יבוצעו ומי שלא הסכים לכך נענש.
עושרו וטוב ליבו גרמו לו להיטיב לעניים, ורבים היו סמוכים על שולחנו ממש. גם לתלמידי החכמים העניים היה דואג והזמין להם פרנסתם. וכך כותב תלמידו חכם מרדכי נחום: "הייתי סמוך על שולחנו והוא גדלני כאב את בן ירצה". אף חכם יצחק מאייו החשיבו לבנו בכתבו עליו 'בני תלמידי'.
חכם יצחק מאייו לא זכה לבנים ועל עובדה זו היה מצטער כל ימיו כפי שהעיד בספרו: "כל ימי הייתי מצטער על גידול בנים דלא הוו לי כלל. מכל מלמדי השכלתי, מיני רפואות וסגולות, הרבה יגיעות ידעתי לקיים מצוות פרייה ורביה, יגעתי ולא מצאתי". ואת נחמתו מצא בחידושי התורה: "הנה נא זקנתי, ותהי זאת נחמתי שעיקר תולדותיהם של צדיקים תורה מונחת, חידושים דאורייתא הרי הם כבנים."
על אף עושרו הרב כמעט ולא התעסק בהדפסת ספריו וכל ארבעת ספריו נדפסו על ידי נדיבי עם שרצו בזכות להדפיס את חידושי תורתו, חלקם נדפסו אף לאחר מותו. כל ספריו נושאים את השם י"ם שהם ראשי תיבות שמו: 'שרשי הי"ם' – חידושים על הרמב"ם; שפת הי"ם - שו"ת בהלכה; דרכי הי"ם - דרשות; פאת י"ם - חידושים על מסכת ביצה.
חכם יצחק מאייו נפטר באיזמיר ביום כ"א אלול תק"ע (1810).