מקצת שבחו

חכם משה רפאל דה אגילר נולד לאמו ולאביו יצחק ישראל, ככל הנראה בשנת ש"ס (1600)בליסבון בפורטוגל.
הוריו היו מן האנוסים שברחו לאמסטרדם ושבו ליהדותם. אביו היה גזבר חברת 'ארץ הקודש', שעל יד קהל 'בית ישראל' באמסטרדם. גדל בתורה וביראה על ברכי חכמי אמסטרדם ובראשם חכם שאול בן יוסף הלוי מורטירה.
בשנת  ת"ב (1642) נלווה אל חכם יצחק אבוהב דה פוניסקה למסעו אל הקולוניות הולנדיות בברזיל. הוא התיישב ברסיפה שבמדינת פרנמבוקו, ושימש רב וחזן בקהילות 'צור ישראל' ו'מגן אברהם'.
בשנת ת"ז (1647) הועלה על המוקד בליסבון, בן אחותו, יצחק דה קאסטרו טאראש, הי"ד, בידי האינקוויזיציה.
בשנת תי"ד (1654) כבשה פורטוגל את ברזיל מיד הולנד. חכם משה רפאל דה אגילר נאלץ לנוס על נפשו חזרה לאמסטרדם. הוא לימד בחברת 'כתר תורה' בהנהגת חכם שאול בן יוסף הלוי מורטירה, ובשנת תי"ח (1659) החל ללמד גמרא ודקדוק בישיבת 'עץ חיים'. בשנת תכ"א (1661) מונה לדיין בבית הדין בראשות חכם יצחק אבוהב דה פוניסקה. בשנת תכ"ו (1666) החל לשמש ראש ישיבת 'גמילות חסדים'. בשנת תכ"ח (1668) יצא לאור בהסכמתו ספרו של חכם אברהם פימינטיל 'מנחת כהן'.
חכם משה רפאל דה אגילר החזיק בביתו באמסטרדם ספרייה גדולה של ספרים עבריים. חכם שבתי בס, שהיה בקשר עימו, נעזר בה לכתיבת ספרו הביבליוגרפי 'שפתי ישנים'. חכם משה רפאל דה אגילר חיבר כעשרים חיבורים, מקצתם בעברית ומרביתם בפורטוגזית. חיבוריו: 'זכר רב' - מדרשים ו'ספר המעשים' - מעשיות מן התלמוד, נותרו בכתב יד, ונעלמו מאיתנו. הודפסו שניים מחיבוריו בפורטוגזית: 'דקדוק הלשון העברית', ו'דיני שחיטה ובדיקה'.
חכם משה רפאל דה אגילר נפטר ביום י"ב טבת תל"ט (1679).