מקצת שבחו
חכם נתנאל חבובה נולד לאמו ולאביו משה, בשנת תקצ"ט (1839) בדמשק שבסוריה.
חכם נתנאל חבובה התייתם מאביו בגיל צעיר, ועבר לגור אצל סבו חכם יצחק הכהן מסלתון טראב.
בשנת תרט"ז (1856), בהיותו בן 17, קיבל חכם נתנאל חבובה את התואר 'חכם' מפי מועצת רבני דמשק, והוא החל לשמש בהוראה את גדולי רבני עירו, חכם יעקב פרץ, חכם שלמה סוכרי ועוד.
בשנת תרי"ח (1858) חכם נתנאל חבובה נשא לאישה את מרת לאה לבית סוכרי, ונולדו להם ילדים.
בשנת תרל"א (1879) נסע חכם נתנאל חבובה, יחד עם שני גבירים למסע בארץ ישראל, שם נפגשו עם חכם אליהו מאני שהתפעל מחוכמתו של חכם נתנאל חבובה. חכם אליהו מאני ביקש מחכם נתנאל חבובה להישאר אצלו שנה אחת כדי שילמדו את סודות הקבלה, והבטיח לדאוג לכל מחסורו. בתקופה מאוחרת יותר כאשר חכם אליהו מאני ביקר בדמשק, הוא קבע לימוד קבוע מדי יום ביומו עם חכם נתנאל חבובה.
בשנת תר"מ (1880) נבחר לשמש כראש אב בית הדין בדמשק.
בשנת תרס"ד (1904) חכם נתנאל חבובה עלה לארץ ישראל והתיישב בירושלים, שם נקשר לחכם שלום הדיה. כשעבר לגור בשכונת הבוכרים נקשר לחכמי ישיבת 'רחובות הנהר' בראשות חכם שאול דוויך הכהן.
חכם נתנאל חבובה נפטר ביום ט' שבט תרע"ז (1917) והובא למנוחות בהר הזיתים.
חכם נתנאל חבובה כתב את ספרו 'קרבן נתנאל' - חידושים ורמזים על התורה, הספר יצא לאור ע"י בנו.