ראשית תורתו למד מפי אביו חכם מעתוק חדאד, גדל בתורה וביראה על ברכי חכמי ג'רבה.
בשנת תרל"ט (1879) זכה ועלה עם משפחתו לארץ ישראל, בעקבות חלום של אימו ברוריה, והתיישבו בעיר ירושלים. בצרתם כי רבה, נפטרה האם ברוריה, ושניים מאחיו. בשנת תר"מ (1880) חזר אביו, חכם מעתוק חדאד, יחד עם ילדיו הנותרים לג'רבה, אך מעט זמן אחר הגיעם לג'רבה, נפטר חכם מעתוק חדאד, ואין חונן ליתומיו.
חכם פנחס חדאד נדד בחוסר כל, בחיפוש אחר פרנסה, וסבל מעוני ומחסור. הוא הגיע לעיר תוניס, שם נשא לאישה את בתו של יששכר מאמו. הוא התפרנס מיגיע כפיו, ושקד על לימודו
בשנת תרנ"ד (1893), בן דוד של אביו, שאול בן חכם יצחק חורי, אמצו וסיפק כל צרכיו, כך שיוכל להקדיש עצמו ללימוד התורה. חכם פנחס רחמים חדאד גדל ונתעלה, בנגלה ובנסתר, ולמד תורה מפי רבו, הדיין, חכם דוד ג'אווי.
הוא נודע ברבים בדרשותיו, וכתב את חידושיו בספר 'ויעמד פינחס' - על ספר תהלים עם 'לקוטי פרחים' - על התנ"ך, על ספר הזוהר, על התלמוד הבבלי ופיוטים. בשנת תרע"ז (1917), לאחר פטירת בתו ברוריה, זכה להדפיס את ספריו למנוחת נפשה. אחיו, חכם יעקב חדאד, שימש סופר בית הדין בתוניס, ואחר כך בטריפולי. אח נוסף, חכם דוד חדאד, שימש ברבנות, בכמה ערים בצפון אפריקה, וחיבר את הספרים 'קרן לדוד', ו'מעשה ניסים'.
מועד פטירת החכם אינו ידוע לנו. אנו מציינים אותו ביום י' כסליו, יום בו חתם, חכם אליהו זרח, רבה של תוניס, על ההסכמה לספרו 'ויעמד פינחס', בשנת תרס"ד (1904). אומנם הספר יצא לאור רק בשנת תרע"ז (1917).
