חכם יצחק ניסים אבן ג'אמיל נולד לאביו ג'אמיל ולאימו בצפת.
גדל בתורה וביראה על ברכי חכמי צפת, והיה לאחד מגדולי חכמי ירושלים.
בשנת תי"ז (1657) נמנה על החותמים על כתב המינוי של השד"ר חכם ברוך גד, שיצא למסע לעיראק ולפרס בחיפוש אחר 'בני משה'. בשנת תכ"ד (1664) עבר להתגורר בעיר הקודש חברון.
חתימת כתב ידו של חכם יצחק ניסים אבן ג'אמיל מצויה על גבי כתב יד של 'ספר הכוונות', המצטט את חידושי תורתו של חכם חיים ויטאל, תלמיד האר"י הקודש.
תשובתו האוסרת לברך 'שהחיינו' על ספר תורה שקנה עד שיקרא בו בפעם הראשונה, הובאה בסימן סב, בספר שאלות ותשובות מהר"י בירב. עוד ציטוטים מחידושיו, הובאו בכתבי נכדו, בכתבי בני דורו, ובדורות שבאו אחריו, כגון בספרים 'לב דוד', 'פתח עיניים' ו'כסא דוד' מאת חיד"א, 'יריעות שלמה' לחכם שלמה ווזאן, .
בשנת תפ"ט (1729) יצא לאור באיזמיר ספרו 'באר לחי' - דרושים, בתוך ספר 'ישרש יעקב' של מחותנו, חכם חיים אבולעפיה בן יעקב (הראשון). בשנת תצ"ז (1737) יצא לאור באיזמיר ספרו 'חיים וחסד' עם ספר 'חנן א-לוהים' של בן בתו של חכם חיים אבולעפיה בן דוד (השני).
יום פטירתו של חכם יצחק ניסים בן ג'אמיל אינו ידוע לנו, אנו מציינים אותו בום ז' באדר, שכל נשמות חכמי ישראל, כלולות בנשמת משה רבינו.