גדל בתורה וביראה על ברכי אביו, נעים זמירות ישראל, חכם דוד פרנסיס, בנו של הגביר חכם שמואל פרנסיס. היה מתלמידי, החכם יוסף פירמו מהעיר אנקונה. כן, ראה באחיו הגדול חכם יעקב פרנסיס כאחד מרבותיו.
בשנת תי"א (1651) נפטר אביו, ובשנת תי"ב (1652) נפטרה אשתו - חנה גראציה, ושני ילדיהם - דוד ואסתר.
בשנת תט"ז (1656) נשא לאישה את מרים לבית ויזינו. בשנת תכ"ג (1663) נולד להם בנם יששכר. אשתו, נפטרה כשלושה שבועות לאחר מכן, מסיבוכי הלידה. בשנת תכ"ד (1664) נפטר גם בנם הפעוט - יששכר.
חכם עמנואל פרנסיס ואחיו חכם יעקב פרנסיס היו מראשי המתנגדים למשיח השקר שבתאי צבי, חיברו שירים בגנותו, וקראו לחכמי איזמיר לקום כנגדו. הם סבלו מהצקות תומכיו, אך לא חתו מפניהם עד שהתגלה קלונו.
אחיו, חכם יעקב פרנסיס, שחשש מלימוד לא הולם של הקבלה, חיבר שירים כנגד לומדי הקבלה. דבר שהביא לשריפת שיריו ע"י חכמי מנטובה. מנגד, חכמי ונציה, בראשם חכם שמחה לוצאטו תמכו בו ובפרסום שיריו.
בשנת תכ"ז (1667) נפטר אחיו, חכם יעקב פרנסיס. בשנת תכ"ח (1668) חכם עמנואל פרנסיס חיבר את הספר 'ויכוח לבני ושמעי' להגנת אחיו, שלא יצא כנגד הקבלה, אלא נגד "על הפתאים, אשר בלימוד הקבלה מתגאים, ולא ראו משנה וגמרא מעולם, וקוראים בספר מדרש הנעלם, כאילו ליבם פתוח כפתחו של אולם".
בשנת תל"ד (1674) שימש נציג ההקדשות, בעניין ירושת החכם זכריה מפורטו, שהקדיש להם את רוב הונו ורכושו, ובני משפחתו ערערו על צוואתו. בשנת תל"ז (1677) עבר לתקופה לאלג'יר, שם חיבר את ספרו 'מתק שפתיים'. בשנת תס"ג (1702) חתם בשם חכמי ליוורנו על הסכמה לספר 'הלכות קטנות' של חכם יעקב חאגיז.
חכם עמנואל פרנסיס נפטר בעיר ליוורנו, כנראה בשנת תס"ח (1708). מועד פטירתו אינו ידוע לנו. אנו מציינים אותו ביום כ"ח אב, יום פטירת בנו הפעוט, יששכר.
פסק דינו בעניין מצווה מחמת מיתה הודפסה בספר 'פחד יצחק' לחכם יצחק למפרונטי. בשנת תקל"ב (1771) הועתק כתב יד ספרו 'שיר השירים'. בשנת תרמ"ה (1885) החכם רמ"ץ מורטארה הוציא לאור את ספרו 'צבי מודח'. בשנת תרנ"ב (1891) פרופ' חיים ברודי הוציא לאור בקראקוב את ספרו 'מתק שפתיים', ובשנת תרצ"ב (1931) ד"ר שמעון ברנשטיין הוציא לאור את הספר 'דיואן לר' עמנואל בן דוד פראנסיש'.
