חכם יוסף אמאדו נולד לאימו ולאביו חכם יעקב אמאדו, כנראה בשנת תקצ"ג (1833) באיזמיר שבטורקיה.
גדל בתורה וביראה על ברכי אביו, חכם יעקב אמאדו, מחבר הספר 'אמרי אמת'. אמו, היא בתו של החכם יוסף בן עזרא, רבו של אביו. בשנת תרכ"ד (1864) סייע ביד אביו להוציא לאור את ספרו של סבו 'שולחן מלך' על משנה תורה לרמב"ם. חכם יוסף אמאדו שקד על תלמודו, שימש כחזן, ובדרשותיו הרביץ תורה לרבים.
חכם יוסף אמאדו נשא לאשה את מרת רבקה בת חכם חיים בנימין פונטרימולי, מחבר הספר 'פתח הדביר'.
בשנת תרל"ב (1872), יצאה עלילת דם כנגד יהודי איזמיר מתושביה היוונים-נוצרים, ושני יהודים נרצחו.
חכם יוסף אמאדו נפטר מדוכא בייסורים, בחיי אביו, ביום י"ח בטבת תרל"ג (1873).
בשנת תרמ"ז (1887), לאחר פטירתו, יצא לאור באיזמיר ספרו 'חלקו של יוסף' - דרשות והלכות.