גדל בתורה וביראה ברובע קוזגונג'וק בעיר קושטא. ראשית תורתו למד מפי החכם יוסף הכהן, חכם יום טוב הכהן וחכם קונורטה דילסון. כשבגר, למד בישיבת החכם חיים נשיא. בשנת תרנ"ג (1893) הוסמך כשוחט ובודק. בשנת תרנ"ד (1894) סיים הכשרתו כמוהל, ובשנת תרנ"ה (1895) הוסמך כמורה הוראה, והחל לשמש מזכיר החכם באשי, הרב הראשי של כל האימפריה העות'מאנית, חכם משה הלוי אפנדי, ומזכיר בית הדין.
בשנת תרנ"ה (1895) נשא לאשה את רוזה, בתו של רבו החכם חיים נשיא, אב בית הדין ברובע חאסקוי.
בשנת תרנ"ט (1899) החל לשמש חבר במועצה הדתית. כן שימש חבר במועצת הפלך ובמועצת העיר.
בשנת תרס"ז (1907), אחר פטירת רבו, חכם חיים נשיא, החל לשמש אב בית הדין ברובע חאסקוי. בשנת תרע"ה (1915), החל לשמש ברבנות בכמה שכונות ורבעים בקושטא: גאלטה, בייאולו, קאסימפאשה ושישלי.
במהלך השנים, שימש שליח החכם באשי, ומונה לקאימקאם, ממלא מקום החכם באשי. בשנת תרצ"ט (1938) ייצג את הקהילה היהודית בהלוויית מוסטפא כמאל אטאטורק, נשיא ומייסד הרפובליקה הטורקית.
בשנת ת"ש (1940), לאחר פטירת חכם חיים יצחק שאקי, מונה לאב בית הדין של איסטנבול (קושטא). בשנת תש"א (1941) החל לשמש רב קהילת יוצאי איטליה באיסטנבול.
בשנת תשי"ג (1953) מונה לחכם באשי, הרב הראשי ליהודי טורקיה. תפקיד שלא אויש, משנת תרצ"א (1931), מאז פטירת החכם באשי חיים בז'רנו, עם הכנסו לתפקיד הקים מחדש את בית המדרש לרבנים.
חכם רפאל דוד סבאן נפטר ביום ח' בכסלו תשכ"א (1960) ונקבר בבית הקברות בארנאבוטקוי שבאיסטנבול.
בשנת תשכ"ג (1963) יצא לאור הספר 'זכר עשות' לחכם יעקב ארגואטי, אותו הגיה, ומובאים בו תשובותיו. ספרו 'מדר"ס לפירושים' יצא לאור, בירושלים בשנת תשס"ה (2005). ספרו 'דורשי שמות' עדיין עומד בכתב יד.
