בשנת תרפ"ב (1922) היגר עם משפחתו למקסיקו סיטי והחל להנהיג את הקהילה הגדולה של יוצאי חאלב במקום. תחת הנהגתו נקבעו שיעורי תורה והוקמו מוסדות חסד ותלמודי תורה. חכם מרדכי עטיה היה מהיוזמים להקמת בית הכנסת 'רודפי צדק' ומקווה הטהרה. כחכם וכמקובל דיבר רבות על המצווה החשובה של יישוב ארץ ישראל. כאשר חש בעצמו כי השהות במקסיקו מפריעה לחינוך ילדיו החליט לחזור לארץ ישראל.
בשנת תרצ"ו (1936) הגיע חכם מרדכי עטיה לירושלים עם אשתו ותשעת ילדיו. בעקבות הפרעות שפרצו באותה השנה, התקשה במציאת פרנסה והחל לשמש כשליח דרבנן למוסדות החסד בירושלים. במלחמת השחרור שהה בארץ, וחיזק את רוחם של תושבי ירושלים.
חכם מרדכי עטייה עסק כל חייו בחשיבות העלייה וההתיישבות בארץ ישראל, הוא חזר והדגיש את החובה הגדולה להכיר בניסים שקרו בזמן הקמת המדינה, לשמוח בהם ולהודות בהם.
בשנת תשכ"ז (1967) חכם מרדכי עטיה ייסד בירושלים את ישיבת 'החיים והשלום' ללימוד תורת הקבלה. בין תלמידיו היו חכם ישועה בן-שושן וחכם שבתי סבתו.
חכם מרדכי עטיה נפטר ביום י"ד בתמוז תשל"ח (1978), ונטמן בבית הקברות בהר הזיתים בירושלים.
חכם מרדכי עטייה כתב ספרים רבים שכולם עוסקים בחשיבות ארץ ישראל, מבין ספריו: 'לך לך', 'סוד השבועה', 'מחשבות שלום', 'מחסה ועוז', 'שמחת עולם', 'ארצות החיים' ועוד.
