למד תורה מפי מארי שלמה טביב ומארי דוד יעיש חדאד. בשנת תרע"ד (1914) הוסמך לרבנות על ידי מארי שלמה טביב, והמשיך בלימודי הקבלה מפי רבו המובהק מארי יעיש מוסא קורין 'מכפר המקובלים' מועציירה.
בשנת תרע"ה (1915) נשא אישה אך רק בשנת תרפ"א (1931) לאחר מות רבותיו, הסכים לקבל על עצמו משרת רבנות, והחל לשמש כאב בית הדין ורבה של סינואן וסביבותיה.
בשנת תש"א (1941), לאחר בצורת קשה שפקדה את תימן, החל את מסעו עם משפחות נוספות, מסע ארוך ורב תלאות במדבריות תימן, במגמה לעלות לארץ ישראל. הוא הצליח להגיע למחנה הפליטים חאשד, שהוקם ליד העיר עדן בשנת תש"ו (1946). במחנה חאשד שימש נציג יהודי מחוז שרעב, ואף שימש בקודש כחבר בית הדין יחד עם מארי סאלם יעקב מנחם ומארי יחיא אברהם. המחנה נוהל ע"י פעילים ציונים חילוניים, שנשלחו מהארץ.
בשנת תש"ח (1948) פרץ מרד, אותו הובילו רבני העדה, כנגד גסות רוחם וקשיות ליבם של מנהלי המחנה. רבני העדה ובתוכם מארי חיים סינוואני נמסרו לשלטון הבריטי, נשפטו וסולקו מן המחנה.
בשנת תש"ט (1949) מארי חיים סינואני זכה ועלה לארץ ישראל והתיישב ביהוד. הוא סירב לקבל על עצמו כל משרת רבנות מהטעם שהרבנים כפופים תחת הממשלה הציונית ומשרתם אינה עצמאית.
בשנת תשי"ט (1959) מתה עלי אשתו, הוא החל להסתגר בדלת אמותיו, ונפגש רק עם מעט מתלמידיו ובתוכם מארי סעדיה בן אור, מארי מרדכי שרעבי ומארי עוזי משולם, ויצא שמו כפועל ישועות.
חכם חיים סינואני נפטר ביום כ"ז אדר תשל"ט (1979) ונטמן בבית העלמין ביהוד.
הוא כתב חיבורים רבים על התורה בדרך הפרד"ס, חלקם יצאו לאור על ידי נכדו: 'מקום מקדש', 'עטרת תפארת', עטרות חיים', 'תורת חכם' 'וזוהר הרקיע'. ומרביתם עדיין נשארו בכתב יד, בתוכם: 'לריח שמניך טובים', 'קישוטי כלה', 'מצא חיים' 'לקט שכחה ופאה'.
