חכם ישראל נג'ארה נולד בשנת שט"ו (1555) לאימו ולאביו חכם משה מתלמידי האר"י, בעיר צפת.
תורתו למד מפי אביו ומפי סבו החכם ישראל די קוריאל, מארבעת סמוכי החכם יעקב בירב בעיר צפת.
בשנת של"ט (1579), לאחר כיבוש קפריסין ע"י העות'מאנים, הוצא צו להעביר 500 מיהודי צפת ליישב את קפריסין. אף שהצו בוטל לבסוף לבקשת הקאדי של צפת, רבים מיהודי צפת, עברו באותה עת לעיר דמשק. חכם משה נג'ארה מונה לאב בית הדין, ולראש חכמי דמשק, ובנו חכם ישראל נג'ארה שימש כשליח ציבור.
חכם ישראל נג'ארה חזר לצפת, שם נשא אישה, ונולדה להם בת. בעקבות מגיפה, בה נפטרה אשתו ובתו, חזר לדמשק, שם התחתן בשנית, ונולדו להם שלושה ילדים. הוא שב לצפת, שם הוציא לאור בשנת שמ"ו (1586) את ספר שיריו הנפוץ 'זמירות ישראל', שיצא לאור בשנית בוונציה בשנת ש"ס (1600). בשנת שמ"ז (1587) פרסם את הספר 'משחקת בתבל', ובשנת תע"ח 1608), פרסם בקושטא את 'שוחטי ילדים' - דיני שחיטה בחרוזים.
חכם ישראל נג'ארה היה דרשן ופוסק אך פאר יצירתו הם שיריו הרבים, שחלקם מושרים בפי כל עדות ישראל, בשבתות, בשמחות ובשירת הבקשות. ידועים ביותר הם הפיוטים: 'יה ריבון עלם', 'יעלה', 'יודוך רעיוני', ועוד. דרכו בקודש הייתה להלביש לחנים מוכרים, תורכיים וערביים אל שירי הקודש שחיבר. על שיריו הרבים זכה לשבחים מגדולי דורו, אך גם לביקורת חריפה של אחד מחכמי דורו, חכם מנחם די לונזאנו, שכתב בתקיפות גם על חכמים נוספים, בני דורו. דברים המיוחסים לחכם חיים ויטאל כנגד חכם ישראל נג'ארה אינם מוחוורים, ונראה שזויפו.
לאחר פרוץ מגיפה נוספת בעיר צפת חכם ישראל נג'ארה עבר לעיר עזה, שם שימש כפוסק ורב העיר.
חכם ישראל נג'ארה נפטר בשנת שפ"ח (1628) בעיר עזה ונטמן שם. יום פטירתו אינו ידוע לנו, אנו מציינים אותו ביום ז' באדר, שכל נשמות חכמי ישראל כלולות במשה רבינו.
הוא חיבר ספרים רבים בתוכם: 'מקווה ישראל' - דרשות, 'פצעי אוהב' - על ספר איוב, 'מערכות ישראל' - על התורה, 'מימי ישראל' - אגרות שונות, 'כלי מחזיק ברכה' - על ברכת המזון ועוד.
