חכם יעקב מאיר נולד לאמו ולאביו כלב מירקאדו ביום ז' אדר תרט"ז (1856) בירושלים.
אביו היה מעשירי ירושלים, ועם זאת התנהג בחסידות ובפרישות. הוא הרבה לתת צדקה, ודאג שבנו יגדל על ברכיהם של חכמי ישראל. ראשית תורתו למד מפי החכם מנחם בכר יצחק.
בשנת תרל"א (1871) נעשה לנושא כליו של חכם אהרן עזריאל, זקן מקובל ישיבת 'בית אל'. בשנת תרל"ב (1872) נשא לאישה את מרת רחל למשפחת יצחקי, ובשנת תרל"ז (1877) המשיך לימודיו בביתו של הגביר עזריה די בוטון, שרכש עבורו ספרים רבים, והקדיש חדר בביתו כמעין ישיבה פרטית.
בשנת תרמ"ב (1881) חכם יעקב מאיר יצא בשליחות לערי בוכרה, ובשנת תרמ"ה (1885) יצא לצפון אפריקה. בשנת תרמ"ח (1888) נבחר לחבר ועד העדה הספרדית, ונתמנה לדיין בבית דינו של הראשון לציון החכם יעקב שאול אלישר. חכם יעקב מאיר היה מעורב בחיי המעשה בירושלים. הוא סייע בהקמת השכונות החדשות: עזרת ישראל, ימין משה ושכונת הבוכרים. עוד בשנת תרל"ט (1879), היה ממקימי בית החולים 'משגב לדך' , ולאחר היבחרו לוועד העדה, סייע בהקמת בית החולים 'שער ציון'. הוא הקים את הארגון 'התאחדות' לקרב בין ספרדים לאשכנזים, ואת הארגון 'שפה ברורה' להחייאת השפה העברית.
בשנת תרס"ו (1906) נתמנה לראשון לציון ורבה של ירושלים, אך להימנע מהמחלוקת הוא ויתר על תפקידו, ובשנת תרס"ז (1907) החל לשמש רבה הראשי של קהילת יהודי סלוניקי. בשנת תרע"ז (1917) בשריפה הגדולה שאחזה בסלוניקי, נשרפה ספרייתו, ובתוכה עמלו רב השנים בתורה, שעמדו בכתב יד. בשנת תרע"ט (1919) שב לארץ ישראל, ובשנת תרפ"א (1921) עם הקמת הרבנות הראשית, נבחר כראשון לציון וראש רבני ישראל.
חכם יעקב מאיר נפטר ביום ט' סיוון תרצ"ט (1939) ונקבר בהר הזיתים בירושלים.
חידושיו נשרפו בשרפה הגדולה שפרצה בסלוניקי בשנת תרע"ז (1917). נותרו רק חידושיו בירחון המאסף של הרב בן-ציון קואינקה, חידושיו בתוך ספרי היש"א ברכה, בספר 'פני יצחק' של חכם יצחק אבולעפיה וחידושים שפורסמו בספרי רבנים אחרים. מפרסומיו: זיכרון מאיר, תרצ"ו (1936); ו'קול קורא לעזרה', תר"פ (1920).