תורתו למד מפי חכם יעקב דהאן, ומפי החכם אברהם אביטבול, ומפי רבו, החכם מרדכי קורקוס, רבה של העיר מרכש, והוא נכדו של המקובל החכם מסעוד חפוטא, רב העיר בני מלאל. גדל בתורה והצטיין בלימוד הגמרא בישרות, עיון וסברא, וכל מי שרצה לדעת פשט אמיתי בסוגיה היה פונה אליו. כך נודע, שהכריע בין שני חכמי עירו, חכם דוד אלעסרי וחכם יהודה שושנה, בהבנת פשט לשון רש"י.
חכם יאיר חפוטא שימש ראש השוחטים במרכש, וכסופר בין הדין של חכם משה זריהן. הוא התמחה במלאכת הכתיבה בכתב ישר ומיומן ובחצי קולמוס. היה כותב מכתבי פנינים, ביופי המליצה והחרוז. כתב את חידושי רבו, החכם מרדכי קורקוס, וכתב כמה ספרי תורה בכתב נאה ומהודר.
חכם יאיר חפוטא שימש גם כרב וכחזן הקבוע של בית הכנסת הגדול (צלא לכבירה) לבית משפחת פינטו בשכונת המלאח של מרכש.
חכם יאיר חפוטא נשא לאישה את מרת מסעודה, ונולדו להם בנים ובנות, בתוכם חכם אברהם חפוטא.
בשנת תש"ט (1949) זכה ועלה לארץ ישראל, והתיישב בבאר יעקב. משהוכר בגדולתו, מונה ע"י הראשון לציון, החכם בן ציון מאיר חי עוזיאל לרבה של העיר באר יעקב. אף חכם יאיר חפוטא עלה ממרוקו, שם את עיקר משכנו בבית הכנסת לעולי טריפולי, ומדי פעם היה מתפלל בבית הכנסת של המרוקאים והעיראקים. הוא הנהיג את בני עדתו על מי מנוחות. כולם אהבוהו וכבדוהו, וזכה לעמוד על משמר הקודש ושמירת השבת במסירות נפש, והצליח בזה בדרכי נועם. לא התערב בשום עניין פוליטי, ולא בשום מחלוקת מכל עניין שהוא.
נפטר ביום ט"ו תמוז תשס"ג (2003) ונטמן בבית העלמין בגבעת שאול בירושלים, בסמוך לקברו של מרן החיד"א. בפתח תקווה, הנציחו את זכרו ע"י קריאת רחוב על שמו. אין בידנו חיבורים שכתב, בנו חכם אברהם חפוטא, הוציא לאור לאחר מותו בתוך ספרו 'ביכורי אברהם', חיבור בשם 'סנסן ליאיר', והביא שם, בתוך דברים אחדים על אביו, גם כמה דברים בשמו.
