חכם אהרון אליהו רפאל חיים משה פירירה נולד לאימו יהודית (ג'ודיטא) ולאביו חכם יצחק משה בשאלוניקי.
כשהיה בן שישה חדשים, חלה במחלת הקדחת, ובחסדי ה' ובטיפולה המסור של אימו, ניצל ונרפא. הוא גדל בתורה, בנגלה ובנסתר, והיה לאחד מחכמי ישיבת המקובלים 'בית אל' בירושלים.
בשנת תר"ל (1870) הרב עקיבא יוסף שלזינגר, שהיה ממחדשי ההתיישבות החקלאית בארץ ישראל, זכה ועלה לירושלים. הוא חבר לחכמי הספרדים, והתוודע לחכם אהרון אליהו רפאל חיים משה פירירה, והיה למחותנו.
בשנת תרל"ג (1873) חכם אהרון אליהו רפאל חיים משה פירירה הוציא לאור חיבור בשבח ארץ ישראל עם דגל לשמחת תורה עבור ילדי ירושלים. בשנת תר"מ (1880) הוציא לאור שני ספרים בשבח ארץ ישראל וירושלים: 'מכתם שלום ישראל', ו'מכתם שלום ירושלים'.
חכם אהרון אליהו רפאל חיים משה פירירה נשא לאישה את אלגריאה, ונולדו להם שלושה בנים: חכם יצחק משה, חכם מרדכי, וחכם דוד משה, שנפטר בייסורים קשים. לזכרו קרא לספרו 'מעיל קודש ובגדי ישע' בשם 'תולדות אדם', ראשי תיבות אד"ם - אהרון דוד משה. בשנת תרמ"ו (1886) נפטרה אשתו ומנוחתה כבוד בהר הזיתים.
חכם אהרון אליהו רפאל חיים משה פירירה נפטר ביום כ"ז אלול תרמ"ז (1887), ומנוחתו כבוד בהר הזיתים.
בשנת תרמ"ח (1888) יצא לאור, לאחר מותו, ספרו 'מעיל קודש ובגדי ישע' בשני חלקים ביד בנו חכם יצחק משה פירירה. הספר כולל פירוש וכוונות לספר 'עץ החיים' לחכם חיים ויטאל.