חכם מנשה בן ישראל, נולד לאמו ולאביו יוסף בן ישראל בשנת שס"ד (1604) באיי מדיירה שבפורטוגל.
בשנת שס"ה (1605), כשנה לאחר הולדתו, ברחה משפחתו מפורטוגל בגלל רדיפות האינקוויזיציה, ולאחר גלגולים שונים התיישבה בעיר אמסטרדם שבהולנד. תורתו למד מפי רבו החכם יצחק עוזיאל, שהגיע לאמסטרדם מהעיר פאס במרוקו, ועמד בראש קהל קדוש 'נווה שלם' למגורשי פורטוגל.
בשנת שע"ט (1619) החל לדרוש בקהל, בשנת שפ"א (1621) יצא לאור חיבורו הראשון 'שפה ברורה', ובשנת שפ"ב (1622) החליף את רבו, שנפטר כראש קהל קדוש 'נווה שלום'
בשנת שפ"ד (1624) נשא לאישה את מרת רחל סואירו, ונולדו להם שלושה ילדים - בת ושני בנים. לפרנסתו ייסד בשנת שפ"ז (1627) את הדפוס העברי הראשון באמסטרדם.
חכם מנשה בן ישראל היה בקי בעשר שפות, ופרסם את חיבוריו בחמש שפות. הוא היה בקי בחוכמות העולם, ויצר קשרים עם שרים נכבדים ומנהיגי האומות. כך בשנת שצ"ב (1632) פרסם את חיבורו El Consiliador, עבור מלומדים נוצריים, בו יישב מאות פסוקים בתורה, שנראו כסותרים זה את זה.
בשנת שצ"ט (1639) התאחדה הקהילה היהודית באמסטרדם, שהייתה מורכבת משלוש קהילות לקהילה אחת גדולה בשם 'תלמוד תורה'. חכם שאול מורטירה מונה לראש הקהל, וחכם מנשה בן ישראל מונה לסגנו ולדיין.
בשנת תי"א (1651) הוציא לאור את ספרו 'מקווה ישראל' בעניין עשרת השבטים ושורשי הילידים באמריקה, ובשנת תי"ב (1652) הוציא לאור את ספרו 'נשמת חיים' - דרושים
חכם מנשה בן ישראל האמין שהתיישבות יהודית בכל קצווי תבל תחיש את ביאת המשיח לכן פנה באגרותיו לכריסטינה מלכת שוודיה להתיר ליהודים להתיישב בממלכתה, ובשנת תט"ו (1655) יצא ללונדון בראש משלחת בהזמנת שליט הקהילייה של אנגליה, לורד המגן, אוליבר קרומוול כדי להשתתף בפולמוס האם להתיר ליהודים לחזור לאנגליה, לאחר שגורשו ממנה, 350 שנה לפני כן, ע"י המלך אדוארד הראשון. הוא שהה באנגליה כשנתיים, וכחלק מפעילותו חיבר את הספר 'תשועת ישראל' בשפה האנגלית, ואכן ה' הצליח בידו.
בשנת תי"ז (1657) נפטר בנו, באופן פתאומי, והוא יצא בחזרה לאמסטרדם.
חכם מנשה בן ישראל נפטר ביום י"ד כסלו בשנת תי"ח (1658), ומנוחתו כבוד בבית החיים בעיירה אודרקרק.