חכם יוסף ענתבי נולד לאביו חכם דוד יצחק ענתבי ולאמו בשנת תר"ו (1846) בדמשק, שבסוריה.
סבו הוא חכם יעקב ענתבי, רבה הראשי של דמשק, ממעוני עלילת דמשק, ומחבר הספר 'אביר הרועים'. ראשית תורתו למד מפי אביו, חכם דוד יצחק ענתבי. גדל בתורה והיראה על ברכי חכמי דמשק.
חכם יוסף ענתבי נשא לאשה את בת דודו, מרת אסתר לבית קטרן, ונולדו להם ארבעה בנים ובת. בנו אברהם אלברט ענתבי הוא מנהל בית הספר כל ישראל חברים בירושלים.
חכם יוסף ענתבי נתמנה לדיין והיה מורה צדק בעירו דמשק, שם נהג לשאת דרשה מידי שבת, ורבים השיב מעוון, בתוכחות מוסר. לימים עבר למצרים, להרביץ תורה ברבים ולהורות הוראה. בזקנותו עלה לארץ ישראל.
חכם יוסף ענתבי נפטר בה ביום כ"ו בחשוון תרע"ט (1918), ומנוחתו כבוד בחלקת החסידים בהר הזיתים.
ספרו 'ויצבור יוסף' - דרושים, יצא לאור לאחר מותו, בירושלים בשנת תרע"ט (1918), ובו הספד עליו שכתב בנו.