חכם יאשיהו פינטו נולד לאמו ולאביו חכם יוסף פינטו בשנת שכ"ה (1565) בעיר דמשק שבסוריה.
גדל בחכמה וביראה על ברכי חכמי דמשק. אביו, חכם יוסף פינטו, שהיה מנכבדי הקהילה בדמשק, סיפק לו כל מחסורו, כדי שיוכל לשקוד כל העת בתורה. עיקר תורתו למד מפי רבו, החכם יעקב אבולעפיה, שסמך את ידו עליו, כחלק מחידוש מסורת הסמיכה בצפת.
בשנת שמ"ה (1585) ברח חכם חיים ויטאל מירושלים לדמשק, ושהה שם כשנה. חכם יאשיהו פינטו למד ממנו את חכמת הקבלה. בשנת שנ"ה (1595) התיישב חכם חיים ויטאל בדמשק, חכם יאשיהו פינטו נקשר בחכם חיים ויטל, והעמיק בלימודי חכמת הנסתר. בנו של חכם חיים ויטאל, חכם שמואל ויטל, נשא לאישה את בתו של חכם יאשיהו פינטו. בשנת ש"פ, נפטר חיים ויטאל, וחכם יאשיהו פינטו, מונה במקומו לשמש רב קהילת סיציליה בדמשק.
בשנת שפ"ה (1625) התיישב בעיר צפת. שנה לאחר מכן נפטר בצפת בנו יוסף, והוא רק בן 24. חכם יאשיהו פינטו שב לדמשק. לאחר פטירת בנו חיבר את הספר 'מאור עיניים' - פירוש לספר 'עין יעקב' על אגדות חז"ל.
חכם יאשיהו פינטו נפטר בחודש אדר בשנת ת"ח (1648), ומנוחתו כבוד בעיר דמשק. יום פטירתו אינו ידוע לנו, אנו מציינים אותו ביום ז' באדר, יום פטירת משה רבנו, שכל נשמות חכמי ישראל כלולות בנשמת משה רבנו.
חכם יאשיהו פינטו הניח אחריו את בנו, חכם דניאל פינטו, וספרים רבים, שהודפסו: 'מאור עיניים' - אגדות חז"ל; 'כסף נבחר' - דרושים, יצא לאור בוונציה בשנת שפ"א (1621); 'כסף מזוקק' - דרושים, יצא לאור בוונציה בשנת שפ"ח (1628); 'כסף צרוף' - על משלי, יצא לאור, לאחר פטירתו, באמסטרדם, בשנת תפ"ט (1729); נבחר מכסף' - שו"ת. שניים מספריו עוד עומדים בכתב יד: 'כסף נמאס' - על מגילת איכה, ו'קבוצת כסף' - הלכות ודינים.