חכם חיים הכהן נולד לאמו ולאביו כלפה, ביום כ"ו כסליו תרס"ט (1909), באי ג'רבה שבתוניס.
ראשית תורתו למד מפי חכם מכלוף עידאן. בשנת תשכ"א (1961) יצא לטריפולי שבלוב, ולבסוף חזר לג'רבה.
חכם חיים הכהן כיהן כרב בעיר מֶדֶנִין, במקום רב הקהילה חכם חויתו חורי, שעלה לארץ ישראל. חכם חיים הכהן למד שם שחיטה והיה לשוחט מוסמך. לאחר שהצטמקה הקהילה בשל עליית רוב בניה ארצה, עבר לעיר תוניס ושימש שם כשוחט.
בשנת תשל"א (1971), בעקבות הצקות הערבים שהתגברו אחרי מלחמת ששת הימים (1967) עלה חכם חיים הכהן עם בני משפחתו ארצה. המשפחה גרה בבאר שבע, ושם ערך את כתביו.
חכם חיים הכהן נפטר ביום כ"ז כסליו תשל"ה, ונקבר בבאר-שבע.
חכם חיים הכהן כתב את הספר 'שארית חיים' על פרשות השבוע.