1744-1660בצעירותו עקרה משפחתו לירושלים, שם למד בישיבת 'בית יעקב'. רבו היה חכם משה גלנטי. מורה-חבר שלו היה חכם חזקיהו דה-סילווה, בעל ה'פרי חדש'. בשנת תנ"ט (1699) נסע להשתקע בסלוניקי שביוון.
בשנת תע"א (1712) בקשו ממנו יהודי חברון, שהיו חייבים לשלם מיסים כבדים מאד לממשל העות'מאני, לצאת למסע גיוס תרומות עבורם בטורקיה. חכם חיים אבולעפיה נסע לאיזמיר שבטורקיה, שם גם הוסמך לרבנות. בשנת תע"ז (1718), לאחר כשש שנים בטורקיה, חזר לארץ ישראל, השתקע בצפת, וכיהן כרבה של העיר.
בשנת תפ"א (1721) חזר שוב לאיזמיר וכיהן כרבה של העיר.
בשנת תצ"ח (1738) כתב שליט הגליל, דאהר-אל-עומר הדרוזי, לחכם חיים אבולעפיה, והזמין אותו לחדש את היישוב היהודי בטבריה, שנידלדל מאד עם השנים, עד שחרב. בשנת ת"ק (1740) עלה חכם חיים אבולעפיה לארץ והתיישב בטבריה. הוא פעל לחידוש היישוב היהודי בטבריה. בין היתר הקים את בית הכנסת 'עץ החיים', בית-מרחץ, חנויות ליום השוק ובית-בד לשמן שומשום.
חכם חיים אבולעפיה נפטר ביום ז' ניסן תק"ד (1744) ונטמן בבית העלמין הישן בטבריה.
אחרי מותו המשיכו בניו, יצחק ויששכר, להנהיג את יהודי טבריה. תלמידו, חכם חיים מודעי, נחשב לאחד מגדולי המשיבים בדורו. ספריו של חכם חיים אבולעפיה: 'יוסף לקח', 'עץ החיים', 'חנן א-לוהים' - על התורה. 'ישרש יעקב' ו'שבות יעקב' - על אגדות התלמוד, שכונסו בספר 'עין יעקב'. 'מקראי קודש' - על חגים ומועדים.
