חכם יצחק נסים נולד בבגדאד בשנת תרנ"ו (1896) ביום הראשון של חג החנוכה. בשנת תרס"ח (1908) עלה עם משפחתו לארץ ישראל והוא בן 12. שמונה שנים לאחר שעלו לארץ, חזר חכם ניסים לבגדאד, שם נשא אישה וישב ללמוד. הוא נחשב לאחד מגדולי רבני עירק ואף ניקרא חכם ניסים אך למרות זאת הוא סרב לקבל כל מינוי רשמי ועסק לביתו. בשנת תרפ"ה (1925) עלה לירושלים עם אשתו ויקטוריה, וכאן הפך את ביתו בית-ועד לחכמים. בהיותו ידוע כבעל היקף ראייה רחב ובקי בהוויות עולם, נהרו אליו ממקומות שונים להתייעצות בענייני הלכה והנהגת הציבור. ספרייתו התורנית היא מן היחידות במינן. 
בשנת תשט"ו (1955) נבחר לכהונת הראשון לציון הרב הראשי לישראל. מיד עם כניסתו לתפקיד הרם ניכרה עצמאותו ודרכו המיוחדת כמעט בכל שטחי פעולותיו. החכם שאף מאוד להידברות ויצירת יחסי רעות בין כל חלקי העם. סיוריו בקיבוצים ובערים ואף אל יהודי התפוצות, גישתו, שיחותיו ויכולתו המופלאה להסביר השקפותיה של היהדות, משכו את לבם של הרחוקים, הגבירו את ההבנה ההדדית וקירבו לבבות.
לאחר מלחמת ששת הימים עשה מעשה גדול בהעבירו את בית-הדין הגדול, שהיה נשיאו, לבניין שלנוכח הכותל הדרומי הסמוך ללשכת הגזית, שהיה מקום מושב הסנהדרין.
החכם כיהן בתפקידו עד שנת תשל"ג (1973), במשך ח"י שנים. בתשעה באב, יום חורבן הבית, שנת התשמ"א (1981), בחצות היום, השיב את נשמתו לבוראו. חיבורו העיקרי הוא שו"ת 'יין טוב'.